Criado e implantado em 1979 pela CAPES, o Programa foi coordenado por aquele órgão do MEC até o ano de 1999. Entretanto, em função de perda de prioridade no âmbito das Políticas Públicas para a Educação, o PET, a partir de 31 de dezembro de 1999, teve sua gestão transferida para a Secretaria de Educação Superior - SESu/MEC.
Depois de alguns anos de uma atuação que quase levou à extinção do Programa, este ficou sob a responsabilidade do Departamento de Modernização e Programas da Educação Superior – DEPEM – e, com a edição da Lei nº 11.180 de 23/09/2005 e da Portaria/MEC nº 3.385 de 29/09/2005, houve novo impulso às atividades do Programa em nível nacional.
Na UNESP, os grupos PET estão subordinados à Pró-Reitoria de Graduação, que assumiu,desde fevereiro de 1993, o papel de orientadora das atividades programadas e mediadora entre as Unidades Universitárias e o MEC. Em nível de Pró-Reitoria a articulação dos 28 Grupos existentes na Universidade é executada por servidor técnico-administrativo designado e os procedimentos são tratados de forma colegiada pela CLAA – Comissão Local de Avaliação e Acompanhamento – formada por 5 dos 28 tutores e mais um representante dos acadêmicos.
A Pró-Reitoria de Graduação exerce importante papel ao sancionar e institucionalizar as ações dos Grupos pelos cursos de graduação da Unesp, de vez que o Programa vem sendo executado levando em conta as diretrizes e os interesses acadêmicos da Universidade e das Unidades a ela vinculadas. A atuação articulada de tais instâncias é de fundamental importância na medida em que reconhecem que o grau de estruturação e de coordenação de ações, que cada Grupo individualmente proporciona e requer, tende a repercutir na melhoria do ensino de graduação e, por conseguinte, nos respectivos Conselhos de Curso.
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